根據財政部、國家稅務總局《關於廣州南沙企業所得稅優惠政策的通知》（財稅【2022】40號），自2022年 1月1日起至2026年12月31日止，註冊在南沙先行啟動區符合條件的鼓勵類產業企業可享受15%的企業所得稅優惠稅率。該通知同時規定了符合條件的企業應在南沙開展實質性運營，即企業的實際管理機構設在南沙先行啟動區，並對企業生產經營、人員、財務、財產等實施實質性全面管理和控制。
2023年5月31日，國家稅務總局廣州市南沙區稅務局、廣州市南沙區財政局、廣州市南沙區市場監督管理局、廣州市南沙區綜合行政執法局聯合發佈了《關於廣州南沙先行啟動區鼓勵類產業企業實質性運營有關問題的公告》，進一步明確了實質性運營的判定標準，公前述公告自2022年1月1日起執行。
僅在廣州南沙先行啟動區註冊登記，其生產經營、人員、賬務、財產等任一項不在廣州南沙先行啟動區的企業，不屬於在廣州南沙先行啟動區實質性運營，不能享受廣州南沙先行啟動區企業所得稅優惠政策，具體規定如下：
- 生產經營在廣州南沙先行啟動區
- 企業在廣州南沙先行啟動區擁有固定生產經營場所和必要的生產經營設備設施等，且主要生產經營地點在廣州南沙先行啟動區，或對生產經營實施實質性全面管理和控制的機構在廣州南沙先行啟動區；
- 以本企業名義對外訂立相關合同。
- 人員在廣州南沙先行啟動區
- 有滿足生產經營需要的從業人員在廣州南沙先行啟動區實際工作，從業人員的工資薪金通過本企業在廣州南沙先行啟動區開立的銀行帳戶發放；
- 根據企業規模、從業人員的情況，一個納稅年度內至少需有3名至30名從業人員當年度在廣州南沙先行啟動區繳納至少6個月基本養老保險等社會保險。
- 財務在廣州南沙先行啟動區
- 企業會計憑證、會計帳簿和財務報表等會計檔案資料存放在廣州南沙先行啟動區；
- 企業的基本存款帳戶和進行主營業務結算的銀行帳戶開立在廣州南沙先行啟動區。
- 財產在廣州南沙先行啟動區
註冊在廣州南沙先行啟動區的企業在區外設立了分支機搆，如該企業對各分支機搆的生產經營、人員、賬務、財產等實施實質性全面管理和控制，應視為在廣州南沙先行啟動區有實質性運營。
而根據國家稅務總局廣州市南沙區稅務局、廣州市南沙區財政局、廣州市南沙區市場監督管理局、廣州市南沙區綜合行政執法局同時發佈的官方解讀，如企業存在下列情形之一，則應視為不符合實質性運營：
- 不具有生產經營職能，僅承擔對區外業務的財務結算、申報納稅、開具發票等功能；或
- 註冊地址與實際經營地址不一致，且無法聯繫或者聯繫後無法提供實際經營地址。
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